לעילוי נשמת הרב נתן דוד בן חיה שרה אסתר ת.נ.צ.ב.ה
תנועת חיבת ציון נכשלה ברוב התחומים. הסכסוכים הפנימיים בין החילונים לדתיים לא פסקו. שנת השמיטה בתרמ"ט (1889) והוויכוח סביב גדרה וחברי תנועת ביל"ו החילונים שדרשו צביון חילוני בארץ ישראל – הובילו למתחים בלתי פוסקים בין הפלגים השונים בתנועה. נראה כי התחום היחיד שהצליחו בחיבת ציון ליישם הוא הקשר שלהם עם הברון רוטשילד וגיוּסוֹ לטובת המושבות בארץ ישראל שהלכו וקרסו כלכלית. הברון רוטשילד אכן סייע למושבות שקרסו כלכלית אבל בפועל דרישותיו למשטר פקידות שהביא לתושבים מושגים הזרים להם, נלחם איתם במלחמת שפות ובמלחמת תרבות – כל אלו היו אליה בקוץ בה.
העלייה הראשונה המשיכה להגיע בהמוניה. בתוך עשרים שנה הגיעו יותר מחמישים אלף יהודים בעיקר בארצות מזרח אירופה וחלקם מתימן.
בתקופה זו של תחילת העלייה הראשונה התרחשו שני אירועים שעצבו, למעשה, את הצביון של היישוב היהודי החדש בארץ ישראל – האחד היה פולמוס השמיטה והשני היה פולמוס גדרה.
תחילתה של השאלה ההלכתית אודות "היתר מכירה" הוא בחששם של מתיישבים יהודים לקראת שנת השמיטה תרמ"ט (1889). בארץ ישראל באותה תקופה הוקמו כבר מושבות רבות שרובן הגדול היה מבוסס בעיקר על עבודה חקלאית. חשש החקלאים היה שאם ישמרו שמיטה – יתמוטט כל עסק החקלאות בארץ ישראל – מטה לחמם.
פקידי הברון רוטשילד פנו לרבנים של חיבת ציון ואגודות חובבי ציון בבקשה לקבל פתרון הלכתי. הנצי"ב מוולוז'ין סירב להתיר, אולם הרב מוהליבר והרב אליאשברג אישרו לבצע היתר מכירה, אך דרשו את הסכמתו של הרב יצחק אלחנן ספקטור שאכן אישר את היתר המכירה. עם זאת העמיד הרב ספקטור את הסכמתו בתנאי שהמכירה תיערך ע"י בית הדין בירושלים. הרבנים האשכנזים של ירושלים, הרב דיסקין והרב סלנט סירבו להיתר מכירה וטענו כי יש לשמוח בשמירת השמיטה – הלכה אליה יכלו היהודים לחזור אחרי אלף שנה! הרבנים הספרדים – הרב אלישר והרב פאניז'ל, תמכו בהיתר המכירה. עוד הורה הרב ספקטור כי יהודים לא יעבדו בזמן השמיטה בשדות.
רוב המושבות אכן עבדו עפ"י היתר מכירה בשנתיים אלו (שנת השמיטה וזו שלאחר מכן) אולם חקלאי פתח תקווה וחקלאי מזכרת בתיה שהיו נאמנים לרבני ירושלים ולרב יפה מחובבי ציון (שגם הוא התנגד להיתר מכירה) לא עבדו את האדמות בשנה זו והדבר הוביל לעימות חריף מאוד עם פקידי הברון. פקידי הברון ראו בהם עצלנים, אולם לתמיכתם של החקלאים יצאו רבנים כמו ה"שפת אמת" (הרב אלתר), הנצי"ב, הבית הלוי ועוד. כאשר הראי"ה קוק עלה לארץ הוא התיר את היתר המכירה, ומולו התייצב הרידב"ז, רבה של צפת, שאסר את היתר המכירה בחומרה רבה. לאחר כיבוש הארץ ע"י הבריטים והקמת הרבנות הראשית ע"י הראי"ה קוק, היתר המכירה הפך להיות עובדה קיימת, למעט קיבוצים של פועלי אגודת ישראל שדבקו בעמדתו ההלכתית של החזון איש והתירו רק "אוצר בית דין".
פולמוס נוסף, שעפ"י הרצף הכרונולוגי היה עוד לפני פולמוס השמיטה, היה בשנת תרמ"ז (1897) במושבה גדרה. פולמוס זה אולי מתאר יותר מכל את העימותים הפנימיים בחיבת ציון ובחובבי ציון.
בעוד המושבות החדשות היו כולן מושבות דתיות, גדרה הוקמה ע"י קבוצה שקראה לעצמה ביל"ו – קבוצה בת פחות מעשרים צעירים שהגיעו ללא כלום בתרמ"ד (1884) אל אזור דרומית למושבה רחובות. הם החליטו להקים מושבה ושתלו גפנים. מצבם הכלכלי היה קשה וחובבי ציון ראו חשיבות מיוחדת לתמוך בהם בהקמת המושבה ובניהולה. קשיים רבים בהם נתקלו הביל"ויים הובילו לכך שעלה פתרון לפרק את המושבה ולפזר את המעטים במושבות השונות. אולם חובבי ציון ובראשם הרב יחיאל מיכל פינס התערבו וסייעו לבני המושבה.
בשנת תרמ"ז (1887) התעורר ויכוח גדול מאוד בחיבת ציון סביב הצביון היהודי של גדרה. אנשי ביל"ו ("בית יעקב לכו ונלכה") היו חילונים ודרשו לקיים אורח חיים חילוני בגדרה. בנוסף, הם גם דרשו לעבוד בשבתות בשדות, דבר שהכעיס ביותר את רבני היישוב הישן.
רבני היישוב הישן עירבו את רבני חובבי ציון וכתבו כי "טוב שלא יהיו אלו [הביל"ויים] בארץ מאשר שיחללו על אדמה קדושה זו את השבת" ועוד הם טענו כי "טוב יותר שארץ ישראל תישאר לא מיושבת מאשר שתיושב במחללי שבת".
רבני חובבי ציון זעמו על הביל"ויים הסוררים ודרשו לגרשם מהארץ. המתונים טענו שיש לאכוף את שמירת השבת ולהשפיע עליהם לקיים תורה ומצוות. על כן שלחו הנצי"ב והרב אליאשברג ממונה מטעם חובבי ציון שישגיח על הנעשה במושבה. נציג זה היה הרב יחיאל מיל פינס שהפך להיות פטרונם של תושבי גדרה. כיוון שנחשב למתון הם אכן הצליחו להשתכנע והפסיקו את חילולי השבת.
למרות שנקודתית נראה שהעימות בין החילונים לדתיים נרגע בהתפייסות ובהבנה שיש לחיות חיים משותפים, מתחת לפני השטח החל המאבק הגדול שיפרוץ עשר שנים לאחר מכן בהקמת התנועה הציונית, בה ההנהגה החילונית – היא זו שתעמוד בראש התנועה ותרדה בצורה קשה בתורה ובלומדיה.