אוהד שקד-מנדלבוייםמאז הקונגרס הציוני בתרנ"ז (1897) ועד לפטירתו של תיאודור הרצל בתרס"ד (1904) עברו אמנם רק שבע שנים, אולם היו אלו "שעותיו היפות" של הרצל. אולם מתנגדים רבים היו לתנועה הציונית, כפי שכבר כתבנו בפרק הקודם. ה"בונד" שלחמו כנגד הציונות והרפורמים שנאבקו בה, לרבות פגיעות פיזיות בחבריה במטרה להניא אותם מלהמשיך בפעולתם במערב אירופה.
תחילה התנועה הציונית עסקה בשאלה העיקרית האם הדרך להקמת המדינה צריכה להיות דרך "מדינית" לפיה התנועה הציונית, כמייצגת לכאורה של היהודים בעולם, תקבל אישור (צ'רטר) להעלות יהודים לארץ ישראל ואז תוקם המדינה, או שמא נכון יותר לפעול באופן מעשי ולעלות לארץ גם ללא אישור, ומתוך קביעת עובדות בשטח יתקבל גם האישור המדיני. אולם ויכוחים ודיונים אלו היו מגומדים לעומת הדיון האמיתי שמתחיל סביב תרס"ב (1902) כאשר הציבור הדתי שהלך והצטרף לתנועה הציונית דורש להקים מוסדות חינוך ותרבות שיהוו תחליף למוסדות החינוך והתרבות החילוניים שהקימה התנועה הציונית. הם החלו להתאגד בגוף שעד מהרה ייקרא "המזרח"י" (מרכז רוחני יהודי או מרכז רוחני). להנהגת הגוף נקרא הרב ריינס, אולם הוא התנגד לכך שהתנועה הציונית תעסוק בענייני חינוך אלא רק בענייני הקמת המדינה. למרות התנגדותו, הוא הבין כי רוב החברים הדתיים בתנועה הציונית מאמינים הפוך ממנו. הוא מקים את הזרם הדתי בתנועה הציונית שמטרתו לקדם את החינוך והתרבות הדתיים בתוך התנועה הציונית.
הרב ריינס האמין כי הוא ממשיך דרכם של הרב אלקלעי והרב קלישר, מבשרי הציונות, אשר האמינו ביישוב ארץ ישראל ובחינוך היהודי הדתי כערך עליון. הדתיים בתנועה הציונית התלכדו במהרה סביב הרב ריינס, אולם תמיכתו הנלהבת בתכניתו של הרצל – תכנית אוגנדה – הפכה את הקערה על פיה ורבים בתנועה הציונית, הן דתיים והן חילונים שהיו חלק בתנועת המזרח"י – עזבו אותה. חלקם הפכו למתנגדיו המרים ביותר של הרב ריינס, אך בתוך התנועה הציונית.
אולם לא רק בתוך התנועה הציונית קמה אופוזיציה חריפה לרב ריינס ולמנהיגי תנועת המזרח"י. גם מחוץ לתנועה הציונית החלה התנגדות לרב ריינס ולרעיונותיו והוא נוּדה ע"י האורתודוקסים שהחרימו ספריו, אסרו לקרוא את דבריו, וכן את חידושי התורה שלו. מנהיגי האורתודוקסים אף נמנעו מלהזכיר את שמו ואמרו "מי שהקדיח תבשילו". המאבק ברב ריינס היה חריף ביותר ורבני האורתודוקסיה כינו אותו אף כ"בוגד" ביהדות ובמלים קשות לא פחות מכך. תפיסת האורתודוקסים הייתה כי לא ייתכן שאדם אורתודוקס "ישתף פעולה עם השטן" – התנועה הציונית והרצל, שהרי התנועה הציונית עסקה בשלוש-ארבע השנים האחרונות (תרנ"ז-תרס"ג) בעיקר בכל ניסיון למחוק כל זכר של יהדות מקרב חברי הקבוצה. התנועה הציונית חרטה על דגלה מאבק ביהדות ובקודשי היהדות, ביזתה תלמידי חכמים ועסקה יומם ולילה בכל ניסיון לפגוע ביהדות. בתי הספר שהוקמו מטעם התנועה בארץ ישראל ובגולה היו בתי ספר חילוניים שלמעשה היו "המשך הדרך" של המשכילים והרפורמים. היישובים שהוקמו בארץ ישראל – רובם הגדול היו כבר חילונים לחלוטין ומערכת החינוך שהקימה התנועה הציונית ניסתה למחוק כל זהות דתית בהיסטוריה היהודית.
ניסיונותיו של הרב ריינס להסביר את מהלכו עלו בתוהו. הרבנים האורתודוקסים לא הסכימו לשמוע את דבריו, התנגדו למעשיו ונאבקו בו מלחמת חורמה. לטענתו, "החיבור המוזר" בין האורתודוקסים באירופה לתנועה הציונית "הכופרת והחילונית" הוא חיבור בלתי נמנע. לטענתו, מטרות התנועה הציונית ומטרות המזרח"י הן מטרות זהות – עלייה לארץ, התיישבות בה והקמת מדינה יהודית. כלומר: עלינו להשתמש בתנועה הציונית כמנוף כדי לממש את המטרות שלנו. אולם לכשנגיע לארץ ישראל, ייפרדו דרכנו. סיבה שנייה, הוא הסביר, היא דווקא העובדה שהתנועה הציונית כל-כך עוינת את הדת היהודית – שיתוף פעולה עם התנועה הציונית יוביל בהכרח למיתון ולהפחתה של היחס האנטי-דתי שלה.
בראייה היסטורית קשה לקבוע מה היה לעשות נכון אולם ניתן לראות בבירור שלא רק שהדרכים בין הדתיים בתנועה הציונית לבין חבריה החילוניים נפרדו – אלא שלהפך – הם נתהדקו מאוד עם השנים עד כדי שיתוף פעולה מלא ולפעמים תוך כדי פעולות יחד כנגד שומרי תורה ומצוות. עם זאת, כאשר הדתיים בתנועה הציונית והרב ריינס הקימו את תנועת המזרחי – אכן החלה נסיגה קלה ביותר בפעילות האנטי-דתית של התנועה הציונית, אולם קשה לקבוע אם זה בהכרח בשל פעילותה של תנועת המזרח"י.
אחד עיסוקיה המרכזיים של התנועה הציונית היה בתחום החינוך וההתיישבות. החל מסיום הקונגרס הראשון בבזל בתרנ"ז (1897), החלו לקום מוסדות לתנועה הציונית. באופן ממוסד מוסדות אלו הדירו את הדתיים מתוכם. "ההסתדרות הציונית העולמית" שהוקמה בתרנ"ז הייתה, כנראה, היחידה שגם הדתיים היו שותפים בה, אולם עם השנים דחקו את רגליהם למינימום האפשרי. הוועד הפועל הציוני שהיה מעין "ממשלה" של הקונגרס מנה 20-25 חברים, וברוב השנים לא היו חברים בו דתיים, למרות שהדתיים הקיפו כ-20% בתנועה הציונית. קרן היסוד, שהוקמה רק בתר"פ (1920) והעניקה אמצעי מימון להתיישבות בא"י התעלמה כמעט לחלוטין מהיישובים הדתיים ואף נאבקה כנגד החלוצים הדתיים שהגיעו בעלייה השלישית (תר"פ-תרפ"ד) כדי שלא יקימו יישובים דתיים נוספים בארץ ישראל. אוצר ההתיישבות היהודים שהוקם בתרנ"ט (1899) גם הוא התעלם מהדתיים. כך גם קרן קיימת לישראל (תרס"א, 1901) לא רק שלא סייעה ליישובים דתיים לקום, אלא עשתה כל שביכולתה למנוע מהם זאת, עד שבשנות העשרים פנו יהודים דתיים לעמיתיהם בעולם ודרשו להפסיק לתרום לקק"ל. מאבק זה הפך לעימות שבסיומו קק"ל הודיעה שתתמוך ביישובים דתיים.