הרב מאיר אסטריק"נקם נקמת בני ישראל מאת המדיינים אחר תאסף אל עמיך" (פרק לא פס' ב) וכתב רש"י "[מאת המדיינים ו]לא מאת המואבים, שהמואבים נכנסו לדבר מחמת יראה שהיו יראים מהם, אבל מדיינים נתעברו על ריב לא להם. דבר אחר מפני שתי פרידות טובות שיש לי להוציא מהם, רות המואביה ונעמה העמונית".
והנה, אף בפרשת פנחס ציותה התורה "צרור את המדיינים והכיתם אותם" (כה יז) ופירש רש"י "את מואב לא צוה להשמיד, מפני רות שהיתה עתידה לצאת מהם". והעיר השפתי חכמים מדוע השמיט רש"י את הטעם השני שכתב בפ' מטות, שהמואבים לא עשו זאת מחמת שנאתם אלא מחמת פחדם. עוד יש להבין מדוע כפלה התורה את הציווי להרוג את המדיינים. ועוד, שאחר שנצטוו בנ"י בפ' פנחס להרוג את המדיינים לא התגייסו למלחמה ולא פעלו מאומה, והיאך לא קיימו לאלתר את ציוויו של מקום. עוד יש להבין מדוע תלה הקב"ה את פטירתו של משה רבינו בהריגת המדיינים.
ובמלחמת מדיין טעו הלוחמים ולא הרגו אלא את הזכרים ולא את הנקבות, ועל כך קצף עליהם משה רבינו. ויש להבין, היאך באמת טעו בכך והלא כל מטרת המלחמה הייתה "כי צוררים הם לכם בנכליהם" (כה יח) וברש"י "שהפקירו בנותיהן", וכיצד הזניחו הלוחמים את עיקר מטרת המלחמה – הריגת בנות מדין.
והביאור בזה, דשתי פרשיות שונות וחלוקות זו מזו נאמרו כאן. בפ' פנחס כלל לא הצטוו בנ"י להרוג את המדיינים אלא ל'צרור' אותם, כלומר לשונאם (רש"י). וטעם שנאה זו לפי שעם ישראל נדבק והשתרש בעבירה ובתאווה, והדרך לעקור מליבם יצר זה, הוא על ידי שיפתחו בליבם שנאה לאלה שהחטיאו אותם עד כדי שירצו להרגם, וכך ביאור הכתוב "צרור את המדיינים" בלשון הווה, וזאת על מנת שתבואו לידי "והכיתם אותם" לשון עתיד, שכאשר תחדור השנאה בליבכם תחפצו להרגם (אור החיים). אך בפרשתינו נצטוו בני ישראל לנקום את כבוד ה', שהמדיינים גרמו לעם הנבחר לחטוא ולמרוד בקב"ה, ולפיכך הקפידה התורה "החלצו מאתכם אנשים לצבא" (לא ג) וברש"י "אנשים – צדיקים" דבר שלא מצינו שהקפידה עליו התורה בשאר מלחמות וכגון במלחמת סיחון ועוג, לפי שאת נקמת ה' בלא נגיעות אישיות יכולים לנקום רק הצדיקים.
ועתה מתבאר היטב כפילות הציווי, שמתחילה נצטוו לשנאם ואח"כ להרגם. ומבואר מדוע בפ' פנחס לא נלחמו בנ"י במדיינים, לפי שהציווי היה לשנאתם ולא להרגם. ומבואר מדוע בפ' פנחס השמיט רש"י את הטעם שהמואבים לא עשו זאת משנאה אלא מיראה. לפי שכל טעם שנאת המדיינים והמואבים הייתה בשביל לעקור בליבם את המשיכה והרצון להדבק בהם, וכיון שכך, מה לי אם עשו זאת מחמת שנאה או מחמת מורא הרי יש לעקור את הרצון לחבור עמהם, ורק בפרשתינו שהמלחמה הייתה לנקום את כבוד ה', כותב רש"י שכיון שלא עשו זאת אלא מיראה, נמצא שאין כאן כ"כ פגיעה בכבוד ה' ועל כן אין לנקום בהם.
ומתבאר מדוע תלתה התורה את פטירת משה רבינו במלחמת מדיין, שכתב האור החיים (לא ב) שבכך שלא השיב משה רבינו לטענתו של זמרי בסו"פ בלק, פגם בכבוד שמים. ועתה שהגיע זמנו של משה רבינו להיפטר מהעולם, לא רצה הקב"ה שצדיק זה יפטר מן העולם בלא תיקון לחטאו, לפיכך ציווהו על מלחמת מדיין שמטרתה כאמור לנקום את כבוד ה' ולקדש שמו, ובכך תהיה תשובת המשקל לפגימה זו ויבוא משה רבינו על תיקונו השלם ויוכל להיפטר ללא כל חטא.
וכיון שמלחמה זו מטרתה לנקום את כבוד ה', טעו הלוחמים להרוג רק את הזכרים לפי שעיקר הפגיעה בכבוד ה' הייתה מחמתם, שרצו להחטיא את בנ"י וגרמו לבנות מדיין לחטוא, אך טען להם משה רבינו שאף שהנשים לא היו בעצה תחילה להחטיא את ישראל, אך כיון שסוף סוף החטא נעשה דרכם וברצונם אף הם פגעו בכבוד ה' ויש לנקום בהם.