אוהד שקד-מנדלבוייםשנה לאחר שהוציא הרצל את הספר "מדינת היהודים" בתרנ"ו (1896) החל הרצל בהכנות לכינוס יהודי-אירופאי-בינלאומי (מבחינתו, כי כאמור הוא לא ראה ביהודי ארצות האסלאם חלק מ"התכנית הכללית" שלו). כינוס זה, בדומה לכינוס שנערך תריסר שנים לפני כן בעיר קטוביץ ובו הוקמה "חיבת ציון", התעתד לכנס את כל צירי היהודים, או לפחות את רובם הגדול, למקום אחד, ולדון ולהחליט לגבי עתידו של העם היהודי. הרצל בחר בעיר בזל בשוויץ מכל מיני טעמים. בין היתר הוא חיפש מקום שנחשב ניטרלי, כמו שוויץ. הוא ביקש שיהיה במקום הזה אוויר נוח ומזג האוויר נאה. הוא רצה שהמקום יהיה נוח לצילום ולתיעוד.
הקונגרס הראשון בבזל היה הצלחה הרבה יותר גדולה מששיערו לפני כן. מאתיים נציגים הגיעו לכינוס ההיסטורי שבארצות מסוימות אף צויר כ"סימני משיח". בקונגרס נקבעה מטרת "התנועה הציונית" שהוקמה זה עתה. את המונח "ציונות" טבע נתן בירנבוים, שהיה מראשיה של התנועה הציונית ועוד לפני כן בתקופת חיבת ציון. הרצל אימץ את השם שטבע בירנבוים לשם התנועה הלאומית היהודית החדשה. בירנבוים, אגב, יחזור בתשובה בערוב ימיו ויהיה מהנואמים הגדולים כנגד הציונות והציונים, באופן אירוני (אולי משום כך, בבתי הספר לא מלמדים עליו…).
בקונגרס הושתתו היסודות של התנועה הציונית – התנועה הציונית תייצג מעתה את כל העם היהודי, על כל רבדיו השונים הן מבחינה פוליטית והן מבחינה מדינית; התנועה הציונית תחתור להעלות יהודים לארץ ישראל בלבד; התנועה הציונית תפעל עפ"י הסכמות בינלאומיות; התנועה הציונית תחתור להקים מדינה לעם היהודי.
כבר מיום יסוד התנועה הציונית החלו מתנגדים רבים לה. המתנגדים, למרות מה שכולם בד"כ חושבים, לא באו בעיקר מהזרם האורתודוקסי תחילה, אלא דווקא מ"היהודים המשתלבים" – אותם יהודים שהתנגדו נמרצות למבשרי הציונות ולחיבת ציון. עתה הם התנגדו נמרצות אף יותר לתנועה הציונית. הם ראו בה תנועה שעלולה לשים קץ לתהליך שוויון הזכויות שהם מקבלים באירופה, מה שבחינתם עלול להביא למותו של החזון לחיבור בין העם היהודי לנוכרים.
תחילה הרבנים האורתודוקסים לא הגיבו בחומרה נגד התנועה הציונית. מעטים היו שיצאו נגדה בגלוי, והרוב המוחץ רצה לבחון את התופעה. אולם התנועה הציונית פעלה מהר מהמתוכנן. בתוך שנה כבר פורסמו אין ספור מאמרים של "הוגי דעות ציוניים" ששפכו דיו רב כנגד הדת היהודית, מנהיגיה, אישיה, הלכתה והנהגותיה. "הוגי הדעות" שעסקו בציונות הפכו לבעלי שם רב בקרב העם היהודי המתבולל באירופה. היהודים שנסחפו אחר זרמי ההשכלה (למרות שרובם עדיין התנגדו לרפורמה עצמה) הלכו שכורי חושים אחר הפילוסופיה שכתבו אישים כמו אחד העם, כצנלסון ואחרים. התנועה הציונית סיפקה בו בזמן גם את יצר ההשכלה וגם את יצר הלאומיות היהודית – ולכן ייתכן שזכתה במהירות כה גבוהה לפופולריות אדירה.
כבר בתוך שנה התעוררו החרדים האורתודוקסים באירופה והחלו לכתוב הם עצמם את משנתם כנגד הציונות. התנועה הציונית הואשמה בהפרה של שלוש השבועות ובדחיקת הקץ. כאשר זו החלה להקים מוסדות כלכליים שנועדו להקים וליישב את ארץ ישראל – כספי החלוקה שהגיעו מהגולה בעבור לימוד התורה – הלכו וקטנו. יהודים תלמידי חכמים שישבו ולמדו תורה בערי הקודש, ובעיקר בירושלים, חזו בעיניהם כיצד הקופה שלהם הולכת ומתרוקנת בעוד הקופה של התנועה החדשה שזה עתה קמה – "קרן קיימת לישראל" הולכת ומתמלאת. יהודים רבים באירופה ובארה"ב שאלו עצמם מדוע לתרום ללימוד התורה אם אפשר לתרום לפיתוח הארץ ולהקמת יישובים ועיירות…
אלא שעיקר הזעם של ראשי האורתודוקסים הופנה כנגד הפילוסופים של התנועה הציונית שהאמינו כי צריך ליצור "דת חדשה" שמבוססת על ערכים אוניברסליים של אהבת אדם ולא ייחודיות ושל "עם סגולה". אחד מרבני התקופה אמר על כך בחצי חיוך – 'לאחר שביטלו עצמם מן התורה והמצוות, ודאי שאינם רואים עוד את עם ישראל כעם סגולה כי ירדו לדרגת הנוכרי שאינו מבין במה היהודים הם עם סגולה'.
המתנגדים הגדולים ביותר נגד התנועה הציונית לא היו דווקא החרדים. הם היו תנועת ה"בונד" שהוקמה בשנת תרנ"ז (1897) כמו התנועה הציונית עצמה. ה"בונד" הייתה תנועת שמאל יהודית סוציאליסטית שפעלה ברוסיה, פולין וליטא. תנועה זו התנגדה לתנועה הציונית משום שהתנגדה להפרדה בין ישראל לעמים, הן מהצד הדתי והן מהצד הלאומי. טענת הבונד הייתה שכל הפועלים – יהודים ונוכרים – צריכים להתאחד תחת הדגל של הסוציאליזם של קרל מרקס (שהופך בזמן זה לקומוניזם), שסבר שהדת (כל דת) גורמת לאדם שלא להילחם למען הזכויות שלו והשוויון בינו לבין הפועלים האחרים.
עם זאת, ביבשת בה כולם עוסקים בשעה זו בלאומיות העצמית – כל עם בלאומיות שלו – גם הבונד נאלצו לתת לכך תשובה – הלאומיות, לשיטתם, היא בעצם האחווה בין הלאומים השונים מבחינה כלכלית כדי להביא להשתלטות הרעיון הסוציאליסטי. עוד עסק הרבה הבונד הזהות "הלאומית היהודית" כפי שקרא לה והיא התרבות היידיש החילונית, נטולה מכל דת, אבל תוך כדי יצירת "מפעלי תרבות" יהודים.
עד מהרה התנועה הציונית התגבשה בתפיסתה המדינית והצליחה לגייס עלייה המונית לארץ ישראל החל משנת הרתס"ד (1904) ועד לפרוץ מלחמת העולם הראשונה בשנת תרע"ד (1914). עלייה זו הייתה עלייה סוציאליסטית ואידאליסטית מאוד, והיא למעשה טרפה את הקלפים על המושבות הדתיות של העלייה הראשונה והחלה בעיצוב הצביון הארצישראלי של הציונות – צביון חילוני.