אוהד שקד-מנדלבוייםבשלבי דעיכתה של העלייה הראשונה, בשנת תרנ"ד (1894) נפתח בצרפת משפט שניתן לומר בראייה היסטורית ששינה את כל המציאות של היהודים בעולם מאז ועד היום. היה זה משפט דרייפוס. משפט שהתנהל כנגד קצין יהודי בשם אלפרד דרייפוס. הוא נאשם שריגל בצבא צרפת לטובת גרמניה, וזאת לאחר שנתפסה חלופת מכתבים בין קצין החותם שמו באות d אל קצין גרמני. המשפט כולו התנהל באופן אנטישמי, הראיות טויחו ועוותו, ראיות שקריות הפכו למציאות ולמרות שגם במהלך המשפט המשיכה להתנהל חלופת המכתבים בין הקצין d לבין הקצין הגרמני, המשיכה התביעה באופן אנטישמי את המשפט. העובדה שדרייפוס היה מגדולי היהודים המשתלבים בחברה הצרפתית הייתה לו לרועץ. קצין יהודי בכיר בצבא צרפת המואשם בריגול – היה זה כתב אישום כנגד החברה היהודית כולה. והרי אין חוסר מוסריות וכפיות טובה מריגול למדינת אויב. אולם כל זה ככל הנראה היה עובר ונעלם מן העולם כמו משפטים אחרים שנוהלו כנגד יהודים בעולם – משפט בייליס ברוסיה ועוד אחרים. אלא שבקהל ישב עיתונאי וינאי צעיר. הוא היה יהודי משכיל בן להורים מתבוללים כשהוא עצמו מתבולל, רחוק מן היהדות. הוא אמנם סבל מהיותו יהודי בכך שהורחק מכל מיני עמותות גרמניות ואוסטריות 'טהורות', אבל לא התחבר מעולם להיותו יהודי. העיתונאי הצעיר והנמרץ הזה היה תיאודור בנימין זאב הרצל. הוא לא חשב אז שלימים שמו ותמונתו יפורסמו ברבים עד עצם היום הזה ומשנתו תהפוך להיות "תורתם" עפ"ל של רבים כל-כך.
הרצל נחרד מהמשפט המתנהל במדינה הראשונה שהעניקה שוויון זכויות (אמנציפציה) ליהודים. הוא נחרד כי גם הוא, כמו רבים, חשב שהפתרון הטוב ביותר ליהודים הוא להשתלב בחברת הנכרים. הוא אף הגדיל לחשוב שנכון יהיה שכל היהודים יתנצרו ובכך תסתיים "בעיית היהודים באירופה" כפי שכינה אותה (ואחריו כינו רבים אחרים את המציאות שהיהודים באירופה כ"בעייה", הן בצד היהודי והן בצד הגרמני). לימים חזר בו הרצל מאמירה זו וטען כי המטרה הייתה לבדוק אם השנאה כלפי היהודים היא רק דתית. אולם היסטוריונים רבים מצאו ראיות שגם לאחר שכבר חזר בו מאמירתו זו, הוא לא הפסיק מלהאמין שהתנצרות יכולה לסייע לעם היהודי ובעיותיו, להגדרתו.
במשפט דרייפוס הרצל הבין, מבחינתו לראשונה, כי "הבעיה היהודית" היא בעיה לאומית, ועל כן הפתרון, לטענתו, צריך להיות "פתרון לאומי-יהודי", כלומר: הקמת אוטונומיה או מדינה ליהודים. הוא התיישב לכתוב את ספרו "מדינת היהודים" (תרנ"ו, 1896) בו פרס את משנתו לפיה יש להקים מדינה עצמאית או אוטונומיה מדינית ליהודים במקום כלשהו בעולם. הוא אינו כותב כלל על ארץ ישראל, ואף שולל את ארץ ישראל כיוון ש"חיים כאן ערבים שעלולים לקבל בסימן שאלה את בוא היהודים בהמוניהם מאירופה". הוא אף לא הזכיר בשום מקום את היהודים בארצות האסלאם ולא ראה בהם חשיבות מיוחדת להקמת מדינה, אולי בשל היותם מיעוט בתוך העם היהודי בתקופה זו. התנועה הציונית תיזכר ביהודי ארצות האסלאם רק בעקבות החילון שיעברו היהודים שם ע"י חברת "כל ישראל חברים" שתקים בתי ספר חילוניים ומשכילים במרוקו, טוניס, אלג'יר ועוד.
הספר "מדינת היהודים" יצא לאור והפך להיות להיט בקרב יהודים משכילים וחילונים רבים. היו גם רבנים לא מעטים שראו בספר זה חשיבות גדולה של תקומת העם היהודי בארצו. הם נטו להתעלם מהעובדה שהרצל דיבר על מדינה חילונית לחלוטין בה יש מסחר בשבתות ובחגים ואין כל צביון יהודי כלשהו במדינה, למעט "דגל שבעת הכוכבים" שצייר ומציין את שבעת ימי העבודה, אולם הסתכלותו לא הייתה דתית כלל וכלל אלא סוציאלית (מעניין מה היה אומר על עבודות הרכבת בשבת…?). הוא טען שיש לאפשר יום מנוחה לעובדים מבחינה סוציאלית ולא קישר זאת בשום מקום דווקא לשבת.
לאחר פרסום הספר הוא נתקל בספרו של יהודה לייב פינסקר, "אוטואמנציפציה". בעקבות המפגש עם הספר של פינסקר הוא כתב כי "לולא ידעתי על ספר זה, הייתי גונז את ספרי". אלא שקיים תהום אידיאולוגי בין שני האישים הללו. בעוד פינסקר עצמו היה חילוני, הוא ראה לנגד רוחו שהמדינה היהודית חייבת להיות בעלת צביון יהודי כמו למשל איסור עבודה בשבתות. הוא גם האמין כי מקומם של היהודים הוא בארץ ישראל ולא במקום אחר בעולם. הרצל ראה לנגד רוחו שהמדינה היהודית חייבת להיות בעלת צביון כלל-עולמי ולא צביון יהודי ובוודאי שאין מקום "לסגור את הארץ" בשבת. הוא גם לא ציין בספר את מיקום האוטונומיה היהודית ולא ראה שום חשיבות לארץ ישראל.
זאת ועוד, פינסקר ראה בדת היהודית כמקור לשיתוף פעולה עם המשכילים והחילונים. הוא ראה בדת היהודית חשיבות לעיצובה הרוחני של המדינה היהודית לכשתקום. הוא התנגד לביטויים קיצוניים שהחלו כבר לצוץ כנגד הדת היהודית. הוא טען ששימוש ב"עובדות" נגד הדת היהודית יוביל לכך שגם אויבנו ישתמשו במונחים אלה. ניבא ולא ידע את אשר ניבא כאשר הנאצים ימ"ש ציטטו לא פעם את היהודים המשכילים שהתנגחו בדת. הרצל לא ראה בדת חשיבות כלשהי, הוא אף שלל אותה וטען שמדינת היהודים צריכה להיות "אתאיסטית" וללא קשר לדת. הוא לא ראה חשיבות בשיח עם היהודים הדתיים ורק מאוחר יותר, כשקשר כזה יהיה רלוונטי לאינטרסים שלו הוא יבוא בדברים עם הרב ריינס.